سال‌هاست که صاحب‌نظران از چالش و اصطکاک میان نهادی به نام معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری با وزارتخانه‌ای به نام علوم، تحقیقات و فناوری سخن به میان آورده‌اند و هر بار مسئولان این دو نهاد با لبخندی در برابر خبرنگاران این تضاد و چالش را تکذیب کرده‌اند اما ماجرا وقتی از پرده برون افتاد که رسما خبر آمد 2 نهاد علمی کشور بر سر تدوین نقشه جامع علمی ایران توافق نداشته و به همین جهت هر یک راهی رفته و نسخه‌ای برای علم و فناوری این مرز و بوم پیچیده‌اند.
هیچ‌یک نیز از نسخه خود کوتاه نیامدند تا اینکه شورای‌عالی انقلاب فرهنگی به‌عنوان نهاد بالا دستی، دست به کار ادغام این دو نسخه شد و اکنون ماه‌هاست این امر خطیر را دنبال می‌کند البته در این فاصله، هم مسئول متولی تدوین نقشه جامع علمی در معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری و هم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و به تبع آن معاون پژوهشی اش تغییر کرده‌اند تا سرنوشت نقشه جامع به سرنوشت بسیاری از طرح‌های دیگر مبتلا شده و در هاله‌ای از ابهام فرو رود.
حالا نسرین سلطان‌خواه معاون تازه منصوب شده علمی و فناوری ریاست‌جمهوری در خبری که توسط خبرگزاری‌ها مخابره شده در مورد برنامه خود برای جلوگیری از تداخل فعالیت‌های علمی این معاونت با وزارت علوم گفته« با برنامه‌هایی که دارم نه تنها دخالت و موازی کاری رخ نمی‌دهد بلکه هم افزایی نیز ایجاد می‌شود.»
او با اشاره به مشابهت فعالیت‌های این معاونت با بخش‌های پژوهشی سایر دستگاه‌ها گفت: فعالیت این معاونت با بخش‌های پژوهشی سایر دستگاه‌ها از جمله معاونت پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و جهاد دانشگاهی ارتباط و تداخل دارد که در این زمینه معاونت علمی براساس نقشه علمی کشور و برنامه‌هایی مدون می‌تواند در کنار بخش‌های تحقیقاتی کشور گام‌هایی در جهت توسعه فناوری در کشور بردارد.
این معاونت با تدوین نقشه علمی کشور علاوه بر اینکه می‌تواند کمک شایانی به بخش‌های متولی امر پژوهش در کشور باشد می‌تواند زمینه‌های لازم را برای هماهنگی میان بخش‌های تحقیقاتی فراهم کند.
همچنین می‌توان با تعریف پژوهش‌های مرتبط با هر بخش، پژوهش‌های انجام شده در کشور را در جهت نیازهای کشور هدایت و به این ترتیب از تداخل و تکرار پروژه‌های تحقیقاتی جلوگیری کرد.
گویا معاون جدید نیز می‌داند که مهم‌ترین چالشی که در 4 سال آینده پیش رو خواهد داشت چالش میان این نهاد و وزارت علوم است. چه اگر چنین امری وجود نداشت تاکید بر عدم‌وجود طلا در دیوار ضرورتی نمی‌یافت.
آینده نشان خواهد داد که آیا هماهنگی لازم میان این دو عضو کابینه آن قدر نزدیک خواهد بود که نیازی به موازی کاری و تکرار کارهای علمی و تحقیقاتی نباشد ؟ آیا جامعه علمی کشور به‌خصوص بخش‌های تحقیقاتی از گرداب پیچیده بروکراسی اداری تخصیص بودجه‌های پژوهشی و پاسکاری میان این دو نهاد رهایی خواهد یافت؟
